Родился в Сантарканджело-ди-Романьи около Римини. Неизвестно, кто был его первым учителем, но при поддержке отца он отправляется в Болонью и учится там в 1618—1621 годах по видимому у Лодовико Карраччи или его учеников. Затем обучался в Риме (1621—1622) у Гверчино. Другими близкими ему художниками в римский период были Гвидо Рени и Симон Вуэ. С 1627 по 1642 годы работал в Римини. После этого он был в Форли, где учился у Мелоццо да Форли.
В 1628 году неудачно пытался бежать со вдовой-аристократкой Теодорой Стививи, родные которой не давали согласие на брак. В результате Каньяччи был вынужден на время покинуть город. После возвращения в Римини в 1631 году в его работах просматривается влияние римских последователей Караваджо.
Эксцентричный, не заслуживающий доверия, с сомнительной моралью, любитель провести время в компании моделей, переодетых в одежду противоположного пола — вот некоторые отзывы о нём его современников. В 1650 году уезжает в Венецию, а в 1658 году в Вену, где ему покровительствовал император Леопольд I.
Его ранние картины написаны на религиозные сюжеты. Однако, после возобновления дружбы с Николо Реньери в Венеции, часто рисовал чувственных обнажённых женщин, включая изображения Лукреции, Клеопатры и Марии Магдалины.
Работы Каньяччи были непоняты современниками, но современные критики дали им высокую оценку. Его живопись считают тёплой, насыщенной светом, обогащённой игрой тени и красок.
Умер Каньяччи в Вене в 1663 году.

Картины художника