Ученик своего двоюродного брата — художника Лодовико Карраччи, Аннибале изучал творчество Корреджо, Тинторетто, Веронезе, Рафаэля и Микеланджело. Стремление подражать этим корифеям живописи весьма ярко ощущается в его ранних произведениях.
Со времени основания Академии degli Incamminati он принимал деятельное участие в педагогической и художественной деятельности этого заведения.
В 1597 г. Аннибале Карраччи был приглашён в Рим кардиналом Фарнезе для оформления Палаццо Фарнезе фресковой росписью на мифологические сюжеты. Эта работа заняла Аннибале и его брату Агостино вместе с учениками восемь лет. Эти фрески, замечательные по своему удачному распределению, по осмысленности и разнообразию композиции и по свежести красок («Триумф Вакха и Ариадны», «Меркурий и Парис», «Пан и Дианы», «Юпитер и Юнона» и пр.) принадлежат к числу особенно удачных его произведений.
Несмотря на всеобщее признание художника, Аннибале Карраччи умер в возрасте 49 лет в нищете и похоронен в соответствии с его предсмертной просьбой в Пантеоне, рядом с Рафаэлем. Достоинства живописных произведений этого художника состоят в искусстве композиции, в умно рассчитанном размещении фигур и в свежести колорита. Однако критики отмечают также отсутствие в его работах действительного, непосредственного вдохновения.
Религиозные композиции Аннибале Карраччи являются точным отражением сентиментальной и неискренней набожности его времени. Кроме картин духовного, мифологического и аллегорического содержания, писал также пейзажи.

Картины художника